Shopifyの管理画面は英語版を利用しており、JapanとTokyoが表示されます。このままラベルを発行するとラベルにもTokyoと印刷されますか？

「市区町村」「住所」を日本語としていただければ、住所不正とならず、送り状を発行いただけます。

”Japan”や”Tokyo”などはShopifyの言語設定による表記の変更のみであり、アプリからの送り状印刷に影響を与えるものではありません。東京都にて、送り状に印刷されます。